VMD قادر على العمل بهياكل كبيرة جدًا حتى حدود الذاكرة المتوفرة.تسمح إصدارات 64 بت من VMD بمسارات المحاكاة كبيرة الحجم وطويلة الوقت لتحميلها في الذاكرة الفعلية واستيعاب مجموعات البيانات الحجمي الكبيرة.تعد محاكاة كابسد فيروس نقص المناعة البشرية البالغة 64 مليون ذرة الموضحة في عدد 30 مايو 2013 من مجلة Nature مثالاً من الدرجة الأولى لما يمكن القيام به باستخدام VMD على محطة عمل رسومات مجهزة بشكل مناسب.تم تحضير نموذج HIV-1 للمحاكاة باستخدام أدوات بناء الهيكل وميزات البرمجة النصية في VMD تم استخدامها لاحقًا لتحليل المسار.تم تقديم البنية الشاملة لجميع ذرات HIV-1 الموضحة على غلاف Nature داخل VMD باستخدام محرك تتبع Tachyon الداخلي للأشعة ، وتم تركيبها بعد ذلك بتمثيل فني للمغلف الفيروسي ونص غلاف Nature....